5. Linearized subgraph example

Node0: ACT；Node1: CGCG; Node2: GTCA; Node3: CT；Node4: AGTG Node0连Node1, Node1连Node2，Node2连Node4；Node 2连Node3；Node3连Node4 请以此图给出BitAlign 的输入是线性化且拓扑排序后的参考子图。拓扑排序确保：

如果存在一条有向边（包括 hop）从节点 i 指向节点 j，那么在线性化序列中，j 一定排在 i 的后面。

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一种合法的拓扑排序是：

Node0 → Node1 → Node2 → Node3 → Node4

按这个顺序把每个原始节点展开成单字符节点，得到 BitAlign 的输入——线性化且拓扑排序后的参考子图如下。表中每个字符节点后面列出它的后继节点（出边），所有边的索引都满足“从低索引指向高索引”。

索引	字符	所属原始节点	后继（索引:字符）
0	A	Node0	1: C
1	C	Node0	2: T
2	T	Node0	3: C （Node0→Node1）
3	C	Node1	4: G
4	G	Node1	5: C
5	C	Node1	6: G
6	G	Node1	7: G （Node1→Node2）
7	G	Node2	8: T
8	T	Node2	9: C
9	C	Node2	10: A
10	A	Node2	11: C （Node2→Node3） 13: A （Node2→Node4，hop 边）
11	C	Node3	12: T
12	T	Node3	13: A （Node3→Node4）
13	A	Node4	14: G
14	G	Node4	15: T
15	T	Node4	16: G
16	G	Node4	无

关键点说明：

• 拓扑顺序为 Node0, Node1, Node2, Node3, Node4，因此所有原始边都满足“起点索引 < 终点索引”。
• Node2→Node4 是一条 hop 边：在展开序列中，它从索引 10 的 A 直接指向索引 13 的 A，中间跨过了 Node3 的索引 11 和 12。
• 索引 10 的 A 有两个后继：一个是 Node2→Node3 的普通边指向 11，另一个是 Node2→Node4 的 hop 边指向 13。
• 索引 13 的 A 有两个前驱：来自 Node2 的 hop 边（10→13）和来自 Node3 的普通边（12→13）。
• BitAlign 会从索引 16 逆序遍历到 0。处理索引 10 时，它的所有后继（11 和 13）都已经处理完毕，因此可以正确合并普通路径和 hop 路径的匹配状态。