GenDP §3.1 — 4×6 PE Array · H/E/F Matrix + FIFO
read X = ACGT (4 行) · reference Y = ACGTAC (6 列)
H(i,j) = max(0, H(i-1,j-1)+S, E(i,j), F(i,j)) — 主得分矩阵
E(i,j) = max(H(i-1,j) − go, E(i-1,j) − ge, 0) — deletion（Y 中插 gap）
F(i,j) = max(H(i,j-1) − go, F(i,j-1) − ge, 0) — insertion（X 中插 gap）
参数：match = +2, mismatch = −1, go = 2, ge = 1；三个矩阵同步计算。
步骤 0 / 9
边界
H 已算
E 已算
F 已算
最新波前
下一波前
PE Array & Streaming Query Y
FIFO Broadcast Path